Süper Ajanlar izle, çalınan değerli bir malzemenin peşine düşen iki ajanın hikayesini konu ediyor. Özel ajan Vladimir, emirleri yerine getirmekte sorun yaşasa da gizli servisin en iyi casusudur. Disiplin cezası alan Vladimir, bu yüzden ıssız bir yere gönderilir. Buradaki görevi ise gizli bir malzemeyi korumaktır. Ona bu konuda yardımcı olması için de terk derdi oyun oynayıp dizi izlemek olan çaylak ajan Hector görevlendirilir. Korunması gereken gizli malzeme iki gizemli kişi tarafından çalınınca dünya yok olma tehlikesi ile karşı karşıya kalır. Vladimir ve Hector, çalınan malzemeyi bulup dünyayı kurtarmak için zorlu bir maceraya girişir.