Ninja Kaplumbağalar: Mutant Kargaşası, insanların dünyasını korumaya çalışırken kendilerini büyük bir tehlike ile karşı karşıya bulan Kaplumbağa kardeşlerin hikayesini konu ediyor. Kaplumbağa kardeşler yıllar boyu insanların dünyasını korumak için çabalar. Artık normal gençler olarak kabul edelmek ve New Yorkluların kalbini kazanmak isteyen Kaplumbağa kardeşler, bu amaçla yola koyulur. Onlari yeni arkadaşları April O'Neil'in de yardımıyla gizemli bir suç örgütünü yenmeyş başarırı ancak çok geçmeden beklenmedik bir tehlike ile karşı karşıya kalırlar. Kamplumbağa kardeşler, üzerlerine salınan mutant ordusunu etkisiz hale getirebilmek için zorlu bir mücadeleye girişir.