Karanlık Şehir izle, John Murdoch, bir sabah uyandığında gözelerine bilmediği bir otel odasında açar. Otele nasıl geldiğini bilmeyen John, bu sırada vahşice katledilmiş cinayetlerin katil zanlısı olarak heryerde arandığını fark eder. Hafızasını kaybetmiş olduğu için cinayetleri işleyip işlemediğini dahi hatırlıyamamaktadır. Dedektif Burmstead tarafından aranan Murdoch, gerçekte kim olduğunu öğrenmek ve karşılaştığı bu korkunç bilmeceyi çözmek için büyük bir mücadeleye başlar. Yeraltında yaşayan garip canlılarla karşılaştığındaysa olayı çözmeye çok yaklaşır. 'The Strangers' olarak adlandırılan, zamanı durdurma ve dünyanın fiziksel yapısını değiştirme gücüne sahip olan bu yaratıklar, insan beynine hakim olabilmekte ve olayları istedikleri şekilde yönlendirebilmektedirler. Bu yaratıkların bir şekilde yok edilmesi gerekmektedir ve bunu yapabilecek tek kişi de Murdoch’tan başkası değildir.