Barınak, istila altındaki bir dünyada ailesini arayan bir adamın hikayesini konu ediyor. Dünya yok olma tehlikesi karşı karşıyadır. Havadan bulaşan bir virüs, insanları etkisi altına alır. Genç bir idealist olan Ethan, değişen dünyada insanları kurtarmak için zorlu bir mücadeleye girişir. Ancak enfekte olmuş insanların peşine düştüğü bu gezegende, bir yandan da geride bıraktığı ailesini bulmaya çalışan Ethan, bu süreçte kendisini geçmişinin hayaletleri ile savaşırken bulur.