Küçük Anne, annesinin çocukluğunun geçtiği eve gitiiğinde, bir ağaç ev yapmakla uğraşan bir kızla tanışan Nelly'nin yaşadıklarını konu ediyor. Sekiz yaşında bir çocuk olan Nelly, çok sevdiği büyükannesini kaybeder. Bu durumun ardından Nelly, annesi Marion'un çocukluk evini temizlemesine yardım etmek için Nelly'nin ormanın yakınlarında olan evine gider. Bu sırada Nelly çevredeki ormanda gezerken, annesinin çocukken oynadığı ağaç evi keşfeder. Annesinin bir anda gittiği sırada Nelly, ağaç ev yapmakla uğraşan bir kız olan Marion ile tanışır.